L'eau est au centre de nombreux conflits d'usage qui doivent être arbitrés en droit. En Suisse, sa mauvaise qualité est identifiée comme la plus grave menace pour l'approvisionnement en eau. Le régime de la protection qualitative des eaux a profondément évolué: du droit de police discrétionnaire de l'Ancien Régime, la régulation technique des pollutions apporte des réponses sectorielles dès les années 1950, pour aboutir au paradigme actuel de la gestion intégrée des eaux et de la durabilité, vers laquelle l'Etat et les privés doivent tendre.
Le mémoire inventorie d'abord les sources du droit de l'eau et pose ses enjeux environnementaux et institutionnels. La protection des eaux représente un outil de santé publique central et cristallise des enjeux financiers substantiels pour les collectivités publiques. Un aperçu historique des législations sanitaires puis environnementales précède une présentation des dangers liés à des pollutions ponctuelles et diffuses des eaux. Les moyens de cette protection sont ensuite détaillés pour l'eau comme denrée alimentaire, par l'interdiction de produits polluants et la protection environnementale et territoriale. Ces éléments exposés permettent de critiquer les faiblesses légistiques et législatives de la protection qualitative des eaux et de rappeler les principes qu'il est possible d'utiliser pour une protection durable des eaux.
La discussion met en exergue l'importance de principes constitutionnels de la durabilité, de la précaution, de la prévention et de l'évaluation globale des atteintes comme outils concrets utilisables par les praticiennes et praticiens. La confusion entre les instruments du calcul des risques et ceux de la pesée des intérêts y est dénoncée: La technicisation des choix est inadéquate à prévenir des dangers qui menacent l'eau potable et la santé publique. Finalement, les législations devraient être plus uniformes et denses pour protéger de façon intégrée la santé publique et les biens environnementaux.