Après un séjour à l’Université de Cornell (invitation), Nina Mueggler a soutenu une thèse consacrée aux joutes poétiques comme lieu de constitution de la nation française (Université de Fribourg/Université Lumière Lyon 2), publiée sous le titre « Bon pays de France ». Enjeu national et joutes poétiques sous le règne de François Ier (Droz, 2023, doublement saluée par le Prix de la relève du Collegium romanicum de l'Académie suisse des sciences humaines et sociales et le Prix « Jean Jaurès » de l’Académie des Sciences, Inscriptions et Belles-Lettres de Toulouse). Au bénéfice d’une bourse de mobilité du Fonds national suisse en 2017-2018, elle a collaboré avec l’Université Paris-VII et l’Institut des textes et manuscrits modernes (ENS/CNRS). Dès 2021, elle a été maîtresse-assistante à l’Université de Fribourg, où elle a reçu le Prix Enseignement interfacultaire (Best Teaching Award de l'Université de Fribourg 2024), puis a été engagée comme collaboratrice scientifique à l'Institut de Philologie classique et romane de l’Université de Bonn (Wissenschaftliche Mitarbeiterin). Elle a été invitée à assurer le remplacement de la Prof. Dominique Brancher (Yale) à la Chaire de littérature ancienne française (Moyen Âge-XVIIe s.) de l'Université de Bâle pendant l’année 2024, avant d'être recrutée comme professeure assistante en littérature française (XVIe-XVIIe) à l'Université de Neuchâtel.