Au terme d'une procédure entamée en novembre 2019, l'UniNE a obtenu son accréditation institutionnelle en octobre 2021. Elle est accréditée sans condition. 

L’accréditation institutionnelle est prévue par la Loi sur l’encouragement et la coordination des hautes écoles (LEHE) en tant qu’instrument visant à contrôler l’accès au paysage suisse des hautes écoles. Recevoir l’accréditation est une condition nécessaire pour qu’une haute école ait droit à l'octroi de contributions fédérales et à l'appellation ‘Université’ ou ‘Haute école’. L’accréditation doit être renouvelée tous les 7 ans. Lors de la procédure d'accréditation, l'Agence suisse d'accréditation et d'assurance qualité (AAQ) procède à l'évaluation du système d'assurance qualité de la haute école. Elle se penche ainsi sur les instruments mis en place par la haute école pour maintenir et améliorer le niveau de ses prestations. Des standards de qualité sont requis pour la gouvernance, l'enseignement, la recherche, les services, les ressources et la communication (interne et externe).

De 2019 à 2021, le feuilleton En route pour l’accréditation! a permis de sensibiliser la communauté universitaire aux enjeux de l’accréditation institutionnelle.