PhD Student

Bureau A225

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Intérêts scientifiques

Je suis principalement intéressé par les stratégies de biocontrôle contre les champignons pathogènes et par les interactions entre bactéries et champignons (BFI). Mon intérêt principal est de jouer avec l'environnement en ajoutant des microbes bénéfiques, afin de le rendre impropre à la croissance fongique et de protéger ainsi la plante hôte. Je souhaite également en savoir plus sur la pathogénicité fongique et les métabolismes microbiens, car ils sont des éléments clés du développement de stratégies de biocontrôle.

Formation

• Juillet 2018 – présent: Doctorat en sciences, Laboratoire de microbiologie, Université de Neuchâtel. “L'oxalotrophie en tant que stratégie de biocontrôle” Supervision: Prof. Pilar Junier

• Septembre 2016 – Juin 2018: Master of Sciences en Biogéoscience, Universités de Neuchâtel et de Lausanne

• Thèse de Master, Laboratoire de Microbiologie, Université de Neuchâtel. “L'oxalotrophie en tant que stratégie de biocontrôle” Supervision: Prof. Pilar Junier, Fabio Palmieri

• Septembre 2013 – Janvier 2015: Master of Sciences en biologie médicale, Université de Lausanne
   

• Mémoire de master, Département de pharmacologie et de toxicologie, Université de Lausanne. «Régulation de l'endocytose EGFR» Supervision: Dr. Vladimir Katanaev, Gonzalo Solis

• Pre-mémoire de master, Unité de recherche en urologie, CHUV. "Expression de molécules inhibitrices sur les cellules dendritiques" Supervision: Dr. Denise Nardelli-Haefliger, PD

• Septembre 2010 – Juin 2013: Bachelor of Science en Biologie, Université de Neuchâtel
   

Expériences d'enseignement

• Septembre – Décembre 2019: Assistant de travaux pratiques en microbiologie en 2ème année de bachelor au Laboratoire de microbiologie de l'Université de Neuchâtel

• Février – Mars 2019: Assistant de l'APP en Microbiologie pour la 3ème année du Bachelor, Laboratoire de Microbiologie, Université de Neuchâtel

• Sept. 2018 – Déc. 2018: Assistant de travaux pratiques en microbiologie en 2ème année de bachelor au Laboratoire de microbiologie de l'Université de Neuchâtel

• Mai 2018: étudiant-Assistant pour le cours “Méthodes d’étude de la végétation” pour les étudiants en master au BGS, Laboratoire d'écologie fonctionnelle de l'Université de Neuchâtel

• Septembre – Decembre 2017: étudiant-Assistant pour les travaux pratiques en biologie moléculaire pour les étudiants de troisième année en biologie, Laboratoire de microbiologie, Université de Neuchâtel

Publications

•  Kuhn T. Mamin M, Bindschedler S, Bshary R, Estoppey A, Gonzalez D, Junier P, Li Richter XY. Spatial scales of competition and a growth-motility tradeoff interact to determine bacterial coexistence. doi: 10.1101/2022.01.05.474435. Preprint
• Estoppey A, Weisskopf L, Di Francesco E, Vallat-Michel A, Bindschedler S, Chain PSG, Junier Pilar. Improved methods to assess the effect of bacteria on germination of fungal spores. FEMS Microbiol Lett. 2022 Apr 21;369(1):fnac034. doi: 10.1093/femsle/fnac034. PMID: 35325127.
• Robinson AJ, House GL, Morales DP, Kelliher JM, Gallegos-Graves LV, LeBrun ES, Davenport KW, Palmieri F, Lohberger A, Bregnard D, Estoppey A, Buffi M, Paul C, Junier T, Hervé V, Cailleau G, Lupini S, Nguyen HN, Zheng AO, Gimenes LJ, Bindschedler S, Rodrigues DF, Werner JH, Young JD, Junier P, Chain PSG. Widespread bacterial diversity within the bacteriome of fungi. Communications Biology (2021) 4:1168, https://doi.org/10.1038/s42003-021-02693-y
• Junier P, Cailleau G, Palmieri I, Valloton C, Trautschold OC, Junier T, Paul C, Bregnard D, Palmieri F, Estoppey A, Buffi M, Lohberger A, Robinson A, Kelliher JM, Davenport K, House GL, Morales D, Gallegos-Graves V, Dichosa AEK, Lupini S, Nguyen HN, Young JD, Rodrigues DF, Parra-Vasquez ANG, Bindschedler S, Chain PSG. Democratization of fungal highway columns as a tool to investigate bacteria associated with soil fungi. FEMS Microbiol Ecol. 2021 Jan 13:fiab003. doi: 10.1093/femsec/fiab003. Epub ahead of print. PMID: 33440006.
• Palmieri F, Palmieri I, Noormamode N, Estoppey A, M. Ishak O, Kelliher JM, Vallat A, Iyer R, Bindschedler S, Davenport K, Chain PSG, Foster Harris J, Junier P. 2020. Biocontrol of Aspergillus niger in 3D-LungCell Tissues by Oxalotrophic Bacteria. BioRxiv. doi:10.1101/2020.08.20.259929. Preprint
• Christophe Paul, Sevasti Filippidou, Isha Jamil, Wafa Kooli, Geoffrey House, Aislinn Estoppey, Mathilda Hayoz, Thomas Junier, Fabio Palmieri, Tina Wunderlin, Anael Lehmann, Saskia Bindschedler, Torsten Vennemann, Patrick S. G. Chain, Pilar Junier. 2019. "Bacterial Spores, from Ecology to Biotechnology."  Advances in Applied Microbiology. Vol. 106. 79-111. doi:10.1016/bs.aambs.2018.10.002
• Fabio Palmieri*, Aislinn Estoppey*, Geoffrey L. House, Andrea Lohberger, Saskia Bindschedler, Patrick S. G. Chain, Pilar Junier. 2019. "Oxalic Acid, a Molecule at the Crossroads of Bacterial-Fungal Interactions."  Advances in Applied Microbiology. Vol. 106. 49-77. doi:10.1016/bs.aambs.2018.10.001.

(* equal contributions of the authors)