Matthieu Honegger a soutenu sa thèse de doctorat en archéologie préhistorique à l’Université de Genève en 1998. De 1994 à 2006 il a été collaborateur au Service d’archéologie cantonale de Neuchâtel et y a dirigé des fouilles sur une station littorale entre 2000 et 2003. Maître-assistant à l’Université de Neuchâtel de 2002 à 2006, il est nommé Professeur ordinaire en archéologie préhistorique en 2007. Depuis 2002, il est directeur de la mission archéologique suisse à Kerma (Soudan).
Conduites depuis 30 ans à la fois en Suisse et au Soudan, mes fouilles et recherches portent sur l’archéologie de l’Holocène et m’ont conduit à travailler sur la dynamique d’occupation du territoire, l’archéologie funéraire et les phénomènes de complexité sociale menant à l’émergence de l’Etat.