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Christophe Paul

Post-doctorant

Bureau A221

Tel: +41 32 718 22 57

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Intérêts scientifiques

 

Mes intérêts de recherche appartiennent aux domaines de l'écologie microbienne et de la géomicrobiologie. L'étude de la relation entre les bactéries et leur environnement présente un grand intérêt, car les bactéries ont colonisé tous les écosystèmes et jouent un rôle clé dans les cycles biogéochimiques. L'activité bactérienne est la base du fonctionnement de l'écosystème.
 

Ma thèse de doctorat porte sur les bactéries sporulantes et les structures sporulées. Le premier objectif était d’évaluer l’utilisation possible des spores dans les études paléoécologiques, en proposant un nouvel outil puissant pour l’étude de l’historique des écosystèmes et l’évaluation de leur santé. Nous avons également étudié l'utilisation possible des spores en tant que marqueur biologique pour le suivi des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) dans l'environnement. En raison de son taux de dispersion élevé et de sa survie accrue, les spores pourraient représenter des organismes clés pour la persistance et la dissémination des ARG dans l'environnement.

 

 

Formation et expérience professionnelle

 

Depuis Sept. 2015: Doctorat en microbiologie

Université de Neuchâtel, laboratoire de microbiologie

Titre de la thèse: «Bactérie sporulée comme substitut de la reconstruction d'un environnement passé et utilisation possible pour la détection de gènes de résistance aux antibiotiques dans l'environnement».

 

2014-2015: Collaborateur scientifique en microbiologie / Technicien de laboratoire

Université de Neuchâtel, laboratoire de microbiologie et laboratoire de biologie des sols

Projets de recherche: Utilisation de bactéries formant des endospores en tant que nouveaux substituts environnementaux pour la paléoécologie, détection / quantification de gènes de résistance aux antibiotiques dans des environnements naturels, identification de Phytophthora spp. à partir d'échantillons de sol utilisant le séquençage de nouvelle génération.

 

2011-2012: Technicien de laboratoire

Université de Neuchâtel, laboratoire de biologie des sols

Projets de recherche: Identification et clonalité de Saprolegnia parasitica pathogène des populations de poissons du Doubs, phylogénie / codage à barres des oomycètes.

 

2007-2011: Master en biogéoscience

Université de Neuchâtel, laboratoire de microbiologie

Titre de la thèse: «Cycle biogéochimique du suivi et suivi des communautés bactériennes dans le lac du Loclat» («Cycle biochimique du fer et saisonnalité des communautés bactériennes du lac de Loclat»).

 

2004-2007: Bachelor of Sciences en biologie

Université de Neuchâtel

 

 

Publications

 

Hashmi I., Paul C., Al-Dourobi A., Sandoz F., Deschamps P., Junier T., Junier P., Bindschedler S. 2019. Comparison of the plant growth promotion performance of a consortium of Bacilli inoculated as endospores or as vegetative cells. FEMS Microbiology Ecology:1–14. DOI: 10.1093/femsec/fiz147.

Paul C., Filippidou S., Jamil I., Kooli W., House GL., Estoppey A., Hayoz M., Junier T., Palmieri F., Wunderlin T., Lehmann A., Bindschedler S., Vennemann T., Chain PSG., Junier P. 2019. Bacterial spores , from ecology to biotechnology. Elsevier Inc. DOI: 10.1016/bs.aambs.2018.10.002.

Paul C.*, Bayrychenko Z.*, Junier T., Filippidou S., Beck K., Bueche M., Greub G., Bürgmann H., Junier P. 2018. Dissemination of antibiotic resistance genes associated with the sporobiota in sediments impacted by wastewater. PeerJ 6:e4989. DOI: 10.7717/peerj.4989.

Madueño L.*, Paul C.*, Junier T.*, Bayrychenko Z., Filippidou S., Beck K., Greub G., Bürgmann H., Junier P. 2018. A historical legacy of antibiotic utilization on bacterial seed banks in sediments. PeerJ 6:e4197. DOI: 10.7717/peerj.4197.

Wunderlin T., Junier T., Paul C., Jeanneret N., Junier P. 2016. Physical Isolation of Endospores from Environmental Samples by Targeted Lysis of Vegetative Cells. JOVE-Journal of Visualized Experiments. DOI: 10.3791/53411.

Steciow MM., Lara E., Paul C., Pillonel A., Belbahri L. 2014. Multiple barcode assessment within the Saprolegnia-Achlya clade (Saprolegniales, Oomycota, Straminipila) brings order in a neglected group of pathogens. IMA Fungus 5:439–448. DOI: 10.5598/imafungus.2014.05.02.08.

 

(* contribution égales des auteurs)