Sebbene esistano poche specie di anfibi o rettili indigeni che vivono esclusivamente nei boschi, i boschi misti della Svizzera sono importanti habitat per entrambi i gruppi di animali.

I boschi di latifoglie rappresentano importanti habitat terrestri per molte specie di anfibi e a volte anche i siti di riproduzione (stagni e pozze) si trovano nel bosco. I boschi palustri e alluvionali svolgono un ruolo importante in questo contesto: qui vivono tutte le specie di anfibi indigene per tutto l'anno.  La Salamandra pezzata, il Tritone palmato, la Rana agile e la Rana di Lataste hanno un legame particolarmente forte con gli altri tipi di bosco, e anche le Rane verdi e il Rospo comune vi trascorrono gran parte della loro vita. Il microclima umido di molti boschi di latifoglie soddisfa le esigenze climatiche degli anfibi: qui gli animali trovano sufficiente cibo, nascondigli e quartieri di svernamento tra la vegetazione erbacea e muschiosa del sottobosco. I loro luoghi preferiti all'interno del bosco sono i posti umidi, vicino a corsi d’acqua, e ancor meglio se c’è del legno morto nelle vicinanze. Piccoli riali soleggiati ad es. lungo i sentieri nel bosco e lungo le tracce di cervi o cinghiali sono luoghi ideali per la riproduzione dell’Ululone a ventre giallo.

La Salamandra nera è un’eccezione tra gli anfibi: essa ama stabilirsi anche nei boschi alpini misti e persino nei boschi di conifere, i quali altrimenti sono generalmente evitati dagli altri anfibi.

Nel bosco i rettili, s differenza degli anfibi, dipendono da speciali posti particolarmente aperti e ricchi di strutture, dove il bosco è cresciuto a mosaico con altri tipi di habitat come brughiere, affioramenti rocciosi o ghiaioni. Le zone del bosco ricche di rettili sono spesso pendii soleggiati e rocciosi, come i boschi di Roverella nel Basso Vallese o le pinete nel Giura. Questi tipi di boschi sono tra gli habitat primari di molti rettili: a seconda della regione, vi si possono infatti trovare quasi tutte le specie di lucertole e di serpenti indigeni. Le persone coinvolte nella conservazione della natura e nella gestione delle foreste hanno una particolare responsabilità per questi siti! Una particolarità che si può citare sono le selve castanili al Sud delle Alpi: queste luminose selve ospitano spesso una grande diversità di rettili, soprattutto quando sono attraversati da muri a secco.

La Lucertola vivipara, anche se può essere trovata più in alto al limite del bosco, ha un legame speciale con i boschi di bassa altitudine. La Lucertola vivipara si può trovare nelle zone con alberi sradicati dal vento o in altre zone aperte e luminose così come in radure appena disboscate o lungo i sentieri forestali.

I margini del bosco esposti al sole, se dotati di arbusti e vegetazione erbacea a sufficienza sono di particolare importanza per i rettili e vi si possono trovare tutte le specie di rettili indigeni, a eccezione della Testuggine d’acqua dolce. Ammassi di legno morto e cumuli di sassi valorizzano ulteriormente i margini di bosco.