Tutte le acque stagnanti sono potenziali siti di riproduzione per gli anfibi. Mentre l'elevato valore biologico di stagni e laghetti o delle rive naturali dei laghi è generalmente noto, l’importanza per la protezione degli anfibi data ai più piccoli specchi d’acqua è ancora troppo scarsa. È proprio in questi piccoli specchi d’acqua, visti spesso come “danni al terreno”, che gli anfibi si riproducono. Le pozze si formano grazie al passaggio dei veicoli pesanti usati nelle piazze d’armi, nelle cave di ghiaia o durante i disboscamenti, ma anche in modo naturale lungo i sentieri o nel bosco, ad es. nei buchi allagati di ceppi d’albero caduti. Le buche formate dal passaggio dei cervi, dagli scavi dei cinghiali o i piccoli accumuli d'acqua ai piedi di pareti e pendii sono altri esempi di come piccole pozzanghere possono sorgere anche in modo naturale.

I piccoli specchi d’acqua che seccano regolarmente sono chiamati guazzi. Essi hanno una temperatura elevata, poca o nessuna vegetazione, e sono assenti i nemici naturali (predatori). Anfibi come il Rospo calamita e l’Ululone dal ventre giallo si sono specializzati in tali tipi di pozze. I guazzi e le pozzanghere sono importanti anche nell’habitat della Natrice dal collare, poiché assicurano la sufficiente riproduzione della sua preda principale – gli anfibi. I guazzi scompaiono in fretta così come appaiono, sono una componente della dinamica naturale di questi siti e ciò non porta conseguenze per i loro abitanti.

Uno specchio d’acqua poco profondo è chiamato stagno. Gli stagni sono di solito più profondi dei guazzi, ma la luce solare arriva facilmente sul fondo. Alcuni stagni hanno acqua permanente, altri seccano periodicamente. Di norma gli stagni hanno molta vegetazione sott'acqua e sulla superficie, come le ninfee, in molti casi sono circondati da un canneto. L'origine degli stagni è molto varia: molti si formarono nei solchi e negli avvallamenti lasciati dai ghiacciai ritiratosi dopo l’ultima glaciazione. Inoltre si sono creati stagni e laghetti laddove i ruscelli e i fiumi hanno depositato il loro carico di argille creando strati di suolo impermeabile.

Le specie di anfibi vi si trovano a proprio agio a dipendenza della condizione nel quale si trova lo stagno, I fattori decisivi sono: la sua grandezza, la profondità, la temperatura e il suo regime idrico, se vi fluisce un ruscello o se l’acqua è stagnante. I laghetti con un flusso d’acqua sono di solito relativamente più freddi e ideali per le specie adattate a tali condizioni, che popolano le zone più alte: il Tritone alpino, il Rospo comune e la Rana rossa. Anche il Rospo ostetrico si trova a suo agio in acque fresche. Particolarmente preziosi per gli anfibi sono gli stagni alimentati da acque sotterranee, essi sono di solito più caldi e quindi adatti a specie rare come il Tritone crestato, il Tritone punteggiato o la Raganella. Le zone piane della riva sono molto vantaggiose, poiché qui possono formarsi nuovi guazzi e pozzanghere, che offrono condizioni più favorevoli per altre specie rispetto allo stagno principale. In tali luoghi si trova spesso un grande numero di specie, e non solo di anfibi. La Natrice dal collare è regolarmente presente negli stagni. In Ticino si può trovare la Natrice tassellata, mentre nel Cantone Ginevra la Natrice viperina. La Lucertola vivipara e la Lucertola degli arbusti usano spesso le rive soleggiate degli stagni, specialmente se trovano posti asciutti.

L’uomo ha gestito gli stagni per secoli e ne ha costruiti a sua volta per i suoi scopi, questi stagni sono perciò chiamati “artificiali”, spesso usufruiscono di un sistema che consente il loro svuotamento. Questi stagni artificiali erano utilizzati per la produzione di ghiaccio, per l’irrigazione di canapa o di altre colture, oppure servivano come serbatoi per azionare mulini e segherie. Oggi gli stagni per la pesca o la caccia d’anatre sono rari, così come i bacini per lo spegnimento d’incendi. A dipendenza dell'utilizzo, i bacini artificiali possono essere attrattivi per gli anfibi. I bacini per l’estinzione d’incendi, tipici nell’Emmental e nell’Appenzello, sono particolarmente apprezzati come siti di riproduzione dal Rospo ostetrico… e il loro canto simile al suono di una campanella si sente ancora in alcuni giardini.

La profondità del lago non permette alla luce del sole di raggiungere il suo fondale. I laghi sono inoltre sempre popolati dai pesci. Quali specie di anfibi frequentano i laghi per riprodursi dipende dalla temperatura dell’acqua e dalle strutture sulle rive.

Le rive ripide e brulle suggeriscono una grande profondità del lago e una bassa temperatura dell’acqua, come ad es. il Lago dei Quattro Cantoni o il Lago di Brienz, così come molti laghi artificiali con caratteristiche simili. Tali acque sono utilizzate principalmente dal Rospo comune, specialmente perché può convivere con i pesci. Nei laghetti con dimensioni più piccole si possono trovare le larve del Rospo ostetrico. Le rive soleggiate sono spesso popolate da bisce d'acqua, in particolare se le rive sono naturali o semi-naturali. Tra i blocchi di pietra, spesso utilizzati per stabilizzare le rive dei laghi svizzeri, si trovano altre specie di rettili che in sé non hanno uno stile di vita acquatico, ma utilizzano i blocchi di pietra in modo simile ai ghiaioni. Tra queste possiamo citare la Lucertola muraiola e molte specie di serpenti.

La situazione è diversa sulle rive piane dei laghi, qui si sviluppa una ricca vegetazione sia sott’acqua sia galleggiante e si formano spesso vasti canneti. La temperatura dell'acqua è relativamente alta e le condizioni sono simili a uno stagno. Tra i rettili si possono incontrare la Testuggine d’acqua dolce e la Natrice dal collare, mentre tra gli anfibi si osservano Rane verdi, Rospo comune, Rana rossa, il Tritone alpino, il Tritone palmato e, naturalmente, la specie introdotta Rana verde maggiore. Nei laghi caldi a bassa quota si può inoltre incontrare la Raganella, il Tritone punteggiato e l’Ululone a ventre giallo. Se le canne non crescono in modo troppo denso, si può sentire il gracidio del Rospo calamita.

Gli habitat più preziosi per gli anfibi sono tuttavia le zone sommergibili sulle rive del lago, temporaneamente inondate, soprattutto in primavera ed estate quando l'acqua dei ghiacciai alza il livello del lago. Queste zone sono i siti di riproduzione per numerosi pesci, anfibi e invertebrati. Qui l’ambiente lacustre si fonde con l’habitat costituito da paludi e prati umidi.