In piccoli ruscelli è possibile vedere gli anfibi. Le larve di Salamandra pezzata si trovano in sorgenti e in piccoli ruscelli larghi a volte solo una spanna e profondi non più di qualche centimetro. Le larve trovano nascondiglio nei gorghi con poca corrente, dove si accumulano le foglie cadute dagli alberi. Le larve vivono spesso nella parte a monte dei ruscelli, quella più ricca d’ossigeno dove non si trovano neanche le trote. Il termine tedesco 'Feuersalamanderregion' (“zona della Salamandra pezzata”) è stato coniato proprio per queste acque. La presenza di numerose giovani trote nei ruscelli, queste mangiano volentieri zampe e branchie delle larve di Salamandra pezzata, può influenzare negativamente le popolazioni locali di questi anfibi. La Salamandra pezzata si trova oggi esclusivamente nei ruscelli forestali, e se quelli numerosi i nelle praterie non fossero stati intubati, le larve si potrebbero trovare anche lì. Nel Giura si possono trovare, con un po’ di fortuna, larve di Salamandra pezzata e di Rospo ostetrico nello stesso ruscello.

La Rana di Lataste è l'unico anuro che si riproduce in ruscelli di 1-2 metri di larghezza. Affinché le uova non siano portate via dalla corrente, la femmina le attacca alle radici di piante in acqua.

Anche i piccoli fiumi forniscono habitat a rettili e anfibi. Mentre le bisce d'acqua vivono piuttosto nelle rive del fiume e frequentano l’acqua per cacciare, gli anfibi come l'Ululone dal ventre giallo e il Rospo ostetrico sono costantemente in acqua, nelle zone più calme, nei canali laterali e nelle buche create dai vortici d’acqua. Per far sì che si formino delle lanche, il fiume ha bisogno di spazio per formare il meandro e di materiale detritico a sufficienza da depositare. L’acqua alta crea nella zona d’inondazione molti stagni adatti agli anfibi.

I fiumi adatti al Rospo ostetrico sono quelli con zone d'acqua stagnante, dove i girini possono trovare riparo. Detriti e legno morto servono come nascondigli le grosse pietre come riparo per le larve durante le piene. È ancor meglio se le zone stagnanti hanno un po’ di ricambio d’acqua, perché una temperatura troppo elevata influenza in modo negativo lo sviluppo delle larve di Rospo ostetrico. Sulla sponda del fiume dovrebbero esserci dei cespugli con poca vegetazione, piccole frane o pendii naturali, che gli adulti usano come habitat terrestre.

L’Ululone dal ventre giallo vive per lo più in pozze sull’argine o in stagni fangosi vicino all’asta principale. Le loro larve hanno bisogno di piccole pozzanghere con una temperatura elevata dell'acqua, in modo che possano svilupparsi rapidamente. Le dinamiche fluviali forniscono sempre nuovi stagni, questi sono ideali poiché privi di vegetazione e predatori.

Con “golena” s’intende il paesaggio creato dal mutevole livello d’acqua di fiumi e ruscelli. La piena dei fiumi crea habitat sempre nuovi. Le zone cespugliose o boschive vengono ricoperte di sabbia, ghiaia e ciottoli, che distruggono in gran parte o completamente la vegetazione esistente. Il legno morto galleggiante si raccoglie in ammassi, di grande importanza per i rettili. Essi forniscono per anni un habitat ben soleggiato, ricco di strutture e di luoghi adatti alla deposizione di uova. Le zone con ghiaia e ciottoli diventano interessanti dopo un paio d’anni dall’inondazione, quando si sviluppa una ricca vegetazione erbacea e si sono formati i primi cespugli, che offrono ulteriori nascondigli. Lo stadio finale della successione vegetale è il bosco: dovei rettili non trovano però il loro habitat ideale. Le continue inondazioni creano tuttavia nuovi habitat più adatti. Le superfici ghiaiose lungo i fiumi, soggette alla dinamica dell’acqua alta, non sono solo popolate dai rettili semi-acquatici, nelle valli fluviali del Cantone Ticino si trovano tutte le specie meridionali.

Le numerose costruzioni idroelettriche in Svizzera hanno reso le golene sempre più rare, specialmente sull’Altopiano e hanno impedito la naturale dinamica dei fiumi. Tuttavia, le canalizzazioni costruite con tecniche di ingegneria naturalistica (come ad es. pareti di muri a secco, accumuli di sassi e barriere di blocchi) sono spesso colonizzate dai rettili, in particolare dalle bisce d’acqua.

Le golene sono preziosi habitat anche per gli anfibi perché offrono numerosi stagni e pozze temporanee. Lungo il corso naturale del fiume Tagliamento, nelle Prealpi nordorientali italiane, si contano uno stagno per ettaro. Le frequenti piene eliminano dai corsi d’acqua molti dei potenziali nemici. Se le pozze rimanenti sono grandi e poco profonde, si creano spesso le condizioni ideali per lo sviluppo delle larve d’anfibi. I detriti di legno favoriscono la deviazione della corrente e quindi la creazione di nuove pozze d’acqua.

Le zone golenali che invece non vengono inondate in modo regolare sono caratterizzate da un terreno ghiaioso, sabbioso, in alcuni posti argilloso. La superficie si asciuga in fretta, il livello delle acque sotterranee è stagionale e spesso elevato. Nelle foreste golenali si trovano i vecchi meandri del fiume, molto diversi dagli stagni e dalle pozze d’acqua che si trovano nella golena. Gli ex-meandri non sono vicino all’asta principale e perciò non sono regolarmente ripuliti dalle piene. Queste acque mostrano quindi una grande varietà di vegetazione. Nelle Alpi e Prealpi svizzere gli ex-meandri che si trovano al di sopra del livello delle acque sotterranee sono fortemente influenzati dalle fluttuazioni del livello d’acqua dell’asta principale: le precipitazioni invernali sotto forma di neve mantengono il livello dei fiumi basso e molti ex-meandri seccano. In aprile-maggio i fiumi tornano in piena grazie all’acqua sciolta dai ghiacciai e gli ex-meandri si riempiono d’acqua proprio durante la stagione riproduttiva degli anfibi.
Gli specchi d’acqua al di fuori dell’area solitamente inondata sono privi di pesci a causa delle secche stagionali. Questi inoltre hanno una ricca offerta di cibo e la qualità dell'acqua è al di sopra della media, di conseguenza tutte le specie indigene d’anfibi vivono in queste zone, a volte in gran numero. Oltre ai corsi d’acqua ideali, le golene offrono habitat terrestri di alta qualità e sono ricche di cibo.