Tous les reptiles sont protégés par la législation fédérale. Cela n'aurait cependant aucun sens si tous les habitats occupés par des reptiles étaient simplement considérés comme d'importance nationale. En 1999, le Centre de Coordination pour la Protection des Amphibiens et des Reptiles de Suisse (karch) a proposé à l'OFEFP (OFEV) une série de critères permettant de désigner les « Biotopes à reptiles d'importance nationale ». L'OFEV a approuvé ces critères d'évaluation. Pour encourager, intensifier ou initier des actions de protection des reptiles, le karch se propose d'établir, pour chaque canton, une liste de biotopes jugés très importants pour ces animaux. Ces listes comprennent un choix restreint de biotopes d'une valeur particulièrement élevée et prioritaire pour la conservation des reptiles.

Deux catégories de biotopes doivent être distinguées:

A. Sites très importants ne nécessitant pas de mesures particulières de gestion:
il s'agit pour l'essentiel de biotopes d'altitude, avec de fortes densités de reptiles, biotopes qu'il s'agit de conserver en l'état ; cette catégorie comprend également de vastes biotopes de plaine, pour la plupart déjà sous protection dans le cadre d'autres inventaires (rive sud du lac de Neuchâtel par exemple) ; ces biotopes sont des réservoirs essentiels pour des reptiles menacés tels que les vipères et la Couleuvre à collier.

B. Sites importants et prioritaires nécessitant des interventions ou des mesures de gestion:
cette catégorie regroupe essentiellement des biotopes de plaine qui tendent à se dégrader sous l'angle de la protection des reptiles. Ils nécessitent des mesures de gestion appropriées pour les améliorer et garantir à long terme leur valeur naturelle. Parmi ces biotopes, on peut citer les zones alluviales dont la dynamique naturelle est insuffisante, les milieux ouverts qui tendent à se refermer (éboulis forestiers), les zones de culture extensives (vignobles, haies basses, lisières étagées), les anciennes gravières et les carrières.
 

Pour les périmètres de la catégorie A, leur inscription en tant que biotope de grande valeur pour les reptiles devrait permettre d'éviter des modifications de gestion ou d'exploitation allant à l'encontre de la protection de ces animaux. Cela peut être une exploitation forestière ou agricole inadéquate, mais également la construction d'infrastructures touristiques ou militaires, voire d'ouvrages contre des dangers naturels. La qualité et l'étendue des périmètres des sites de la catégorie A doivent être maintenues et leur morcellement évité. Ils requièrent avant tout une certaine attention des autorités cantonales de protection de la nature, sans occasionner de dépenses particulières. Il s'agit en principe de protection et de gestion paysagère. Pour les reptiles, les habitats primaires devraient être conservés en l'état et non fragmentés.

Le nombre de biotopes de la catégorie B sera limité et dépendra de l'étendue du canton et de son importance pour les reptiles (5 à 10 périmètres environ par canton). Pour ces biotopes, des mesures concrètes et rapides de revitalisation ou de gestion sont nécessaires. Un catalogue général de mesures sera proposé aux cantons. Pour les reptiles, il s'agit souvent d'interventions forestières (création et entretien de clairières, aménagement et entretien de lisières étagées) ou de débroussaillage, ainsi que d'aménagement et d'entretien de petites structures favorables aux reptiles dans des endroits appropriés.