Zwar gibt es unter den einheimischen Amphibien und Reptilien kaum Arten, welche ausschliesslich im Wald vorkommen, aber dennoch gehören die verschiedenartigen Wälder der Schweiz mit zu den bedeutenden Lebensräumen für beide Tiergruppen.

Für viele Amphibienarten stellen Laubmischwälder wichtige Landlebensräume dar, und zum Teil liegen auch die Laichgewässer innerhalb des Waldes. Gerade Bruch- und Auenwälder spielen in diesem Zusammenhang eine wichtige Rolle. Hier leben alle Amphibienarten das ganze Jahr hindurch. Eine besonders starke Bindung an weitere Waldtypen weisen der Feuersalamander, der Fadenmolch, der Springfrosch und der Italienische Springfrosch auf. Aber auch viele Grasfrösche und Erdkröten verbringen einen Grossteil ihres Lebens im Wald. Das feuchte Mikroklima vieler Laubmischwälder entspricht den klimatischen Ansprüchen von Amphibien, und im Idealfall finden die Tiere in der üppigen Moos- und Krautvegetation des Waldbodens ausreichend Nahrung, Versteck- und Überwinterungsplätze. Innerhalb des Waldes sind vor allem Feuchtstellen und Bachtäler bevorzugte Aufenthaltsorte. Grosse Bedeutung hat das Vorhandensein von liegendem Totholz im Wald. Sonnige Kleinstgewässer, zum Beispiel entlang von Waldwegen, Hirsch- und Wildschweinsuhlen oder Rückespuren sind ideale Laichgebiete für die Gelbbauchunke.

Als Sonderfall unter den Amphibien siedelt der Alpensalamander auch gerne in Bergmisch- und sogar in Nadelwäldern. Reine Nadelholzbestände werden von Amphibien ansonsten gemieden.

Im Gegensatz zu den Amphibien sind Reptilien eher auf lichte, strukturreiche Sonderstandorte im Wald angewiesen. Hier verzahnen sich die Wälder oft mosaikartig mit anderen Lebensraumtypen, beispielsweise Mooren, Felsfluren oder Blockhalden. Am häufigsten finden sich reptilienreiche Waldgesellschaften an sonnigen, felsigen Hanglagen, beispielsweise als Flaumeichenwälder im Unterwallis oder als Föhrenwälder im Jura. Regionen abhängig können an derartigen Stellen praktisch alle einheimischen Echsen- und Schlangenarten angetroffen werden, und tatsächlich dürften sie zu den eigentlichen Primärhabitaten vieler Reptilien zählen. Naturschutz und Waldbewirtschafter tragen für solche Standorte eine spezielle Verantwortung! Als Besonderheit seien die Kastanienselven der Alpensüdseite erwähnt: Diese lichten Nutzwälder weisen oft eine grosse Reptilienvielfalt auf, speziell wenn sie von Trockenmauern durchzogen sind.

Obwohl sie zahlreich auch oberhalb der natürlichen Waldgrenze angetroffen werden kann, macht die Waldeidechse ihrem Namen Ehre und hat in tieferen Lagen eine besondere Bindung an Waldstandorte. Man trifft sie auf Windwurfflächen oder anderen natürlichen Lichtungen genau so an wie auf Kahlschlägen oder entlang von Waldwegen.

Besondere Bedeutung hinsichtlich Reptilien kommt sonnenexponierten Waldrändern zu: Sind sie mit einem ausreichend grossen Gebüschmantel und einem guten Krautsaum versehen, lassen sich hier – mit Ausnahme der Sumpfschildkröte – sämtliche einheimischen Reptilienarten beobachten. Totholz- oder Steinhaufen werten Waldränder zusätzlich auf.