Der Fischotter ist seit 1952 bundesrechtlich geschützt. Der Schutz wird über das Bundesgesetz über die Jagd und den Schutz wildlebender Säugetiere und Vögel ( Jagdgesetz, JSG SR 922.0 ) und die Verordnung über die Jagd und den Schutz wildlebender Säugetiere und Vögel ( Jagdverordnung, JSV SR 922.01 ) geregelt. 

Die Jagdverordnung verlangt für eidgenössisch geschützte Arten die Erstellung von Konzepten, die den Umgang mit diesen Arten regelt. Für den Fischotter besteht heute noch kein nationales Konzept wie dies für andere Arten wie den Wolf, Luchs oder Biber der Fall ist.