La contabilità generale del CSCF è controllata annualmente da un ufficio fiduciario indipendente. Questo esame dettagliato riguarda non solamente i movimenti relativi alla gestione corrente, ma anche tutti quelli determinati dai progetti gestiti dal Centro (per esempio i progetti Lista rossa).

Il rapporto annuale redatto dal fiduciario è consegnato al Consiglio di fondazione, il solo abilitato ad approvarlo e a darne scarico alla direzione.

Tenuto conto dei legami molto stretti tra il Centro di coordinazione per la protezione degli anfibi e dei rettili (KARCH) e il CSCF, questa istanza di controllo applica una procedura identica per il controllo della compatibilità tra i due istituti.