Il CSCF beneficia del sostegno di alcuni partner importanti :

L'Ufficio federale dell'ambiente (UFAM),  attraverso la sua Divisione Gestione delle specie ha riconosciuto nel 1990 il CSCF quale Centro nazionale di coordinazione per la fauna. Da questo momento tutte le spese di gestione del Centro sono pagate dal UFAFP. Le relazioni tra le due strutture sono molto strette sia a livello di scambio di informazioni e di competenze, sia nella definizione e coordinazione di progetti importanti.

La città di Neuchâtel, che è membro della Fondazione CSCF dal 1985, attraverso la Section des Affaires culturelles si è ufficialmente impegnata a fornire i locali della sede centrale. Gli uffici del CSCF sono così situati presso il Muséum d'Histoire naturelle de Neuchâtel, con il quale agli inizi il Centro ha collaborato attivamente (arricchimento delle collezioni, rilievo e gestione di alcuni gruppi d'informazioni).

L'Università di Neuchâtel è membro della Fondazione CSCF e la sostiene dal 1985 attraverso il suo Service informatique et télématique (SITEL). Ha ospitato fisicamente la Banca Dati del CSCF dalla sua creazione e assicurato in seguito il suo appoggio logistico, scientifico e tecnico alla sua gestione e al suo sviluppo. I rapporti privilegiati che legano il CSCF all'Università di Neuchâtel sono stati ratificati nel 2001 con una convenzione e un contratto di prestazione firmato dal rettore dell'Università, il direttore del SITEL e quello del CSCF.

Pro Natura svizzera ha partecipato attivamente alla creazione della Fondazione CSCF, coinvolgendosi inizialmente nella definizione dei suoi statuti e degli obiettivi, in seguito lanciando diversi progetti importanti con la sua collaborazione (per esempio gli atlanti degli Odonati e dei Ropaloceri della Svizzera 1985 - 1987). Pro Natura non ha smesso di finanziare i progetti CSCF che rispondono maggiormente ai suoi propri obiettivi.