Le Conseil de fondation édicte les statuts et les règlements de l'institution. Il est en outre chargé de l'élection des membres et de la définition des compétences du Conseil scientifique, de la nomination et du contrôle des activités du directeur, de l'approbation du rapport d'activités, du programme d'activités, des comptes et du budget annuels.

Il est composé représentants de l'Université et de la ville de Neuchâtel ainsi que de la Conférence des délégués à la protection de la nature et du paysage (CDPNP): 

• Prof. Dr. Felix Kessler, Professeur à l’institut de biologie de l’Université de Neuchâtel et Vice-recteur recherche  assisté de:

pour la ville de Neuchâtel:

• Monsieur Ludovico Maggioni, directeur du musée d’histoire naturelle de Neuchâtel
• Monsieur Blaise Mulhauser, directeur du jardin botanique de Neuchâtel

pour l'Université de Neuchâtel :

• Prof. Dr. Etienne Piguet, professeur à l'institut de géographie

et pour la Conférence des délégués à la protection de la nature et du paysage:

• Madame Ursina Wiedmer, biologiste, directrice du département protection de la nature au service cantonal paysage et nature du Canton de Zurich
• Dr. Bertrand von Arx, biologiste, directeur du département de la biodiversité à la direction générale de l'agriculture et de la nature (DGAN) du Canton de Genève

• Prof. Dr. Florian Altermatt, Professeur d’écologie aquatique à l’Université de Zürich et à l’Eawag ; Président du Forum biodiversité