Der Stiftungsrat erlässt die Statuten und Reglemente der Institution. Ausserdem wählt er die Mitglieder des wissenschaftlichen Beirats und legt dessen Kompetenzen fest, ernennt und beaufsichtigt den Direktor, genehmigt den Tätigkeitsbericht, das Arbeitsprogramm sowie die Jahresrechnungen und -budgets.

Er setzt sich aus Vertreterinnen und Vertretern der Universität und der Stadt Neuenburg sowie der Konferenz der Beauftragten für Natur- und Landschaftsschutz (KBNL) zusammen:

Präsident:

• Prof. Dr. Felix Kessler, Professor am biologischen Institut der Universität Neuenburg und Vize-Rektor Forschung, unterstützt von: 

für die Stadt Neuenburg:

• Herr Ludovic Maggioni, Direktor des naturhistorischen Museums in Neuenburg
• Herr Blaise Mulhauser, Leiter des Botanischer Garten Neuenburg

für die Universität Neuenburg:

• Prof. Dr. Etienne Piguet, Professor am Institut für Geographie

Für die Konferenz der Beauftragten für Natur- und Landschaftsschutz:

• Frau Ursina Wiedmer,  Biologin, Leiterin der Fachstelle Naturschutz im Amt für Landschaft und Natur​ des Kantons Zürich
• Dr. Bertrand von Arx, Biologe, Leiter der Fachstelle Biodiversität im Amt für Landwirtschaft und Natur des Kantons Genf
• Prof. Dr. Florian Altermatt, Professor für Aquatische Ökologie an der Universität Zürich und der Eawag ; Präsident Forum Biodiversität