Environmental barcoding (also known as metabarcoding or eDNA) allows to study soil prositsts which represent a large part of the (unknown) eukariotic diversity. In my PhD project, my general goal is to assess the spatial and temporal patterns of soil protist diversity with a metabarcoding approach in different ecological context such as cadaver decompostion, geographical isolation and climatic gradients.

The first part of my thesis is focused on soil cercomonads diveristy in a forensic context with a long-read PacBio metabarcoding approach. The objective is to identify soil cercomonads that respond positively or negatively to the decomposition of a pig cadaver to develop forensic indicators.

FR : Le barcoding environnemental (également connu sous le nom de metabarcoding ou eDNA) permet d’étudier les protistes du sol qui représentent une grande partie de la diversité (inconnue ou méconnue) des eucaryotes. Durant ma thèse, mon objectif général est d’évaluer les modèles spatiaux et temporels de la diversité des protistes du sol avec une approche de metabarcoding dans différents contextes écologiques tels que la décomposition des cadavres, l’isolement géographique et les gradients climatiques.
La première partie de ma thèse se concentre sur la diversité des cercomonades du sol dans un contexte forensique avec une approche de metabarcoding PacBio (séquences longues). L’objectif est d’identifier les cercomonades du sol qui répondent positivement ou négativement à la décomposition d’un cadavre de porc afin de développer des indicateurs médico-légaux.

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