I boschi radi cresciuti su terreni rocciosi o sassosi e su pendii soleggiati sono tra gli habitat più importanti per i rettili in Svizzera e in molte regioni ospitano numerose specie. Talvolta in questi habitat si trovano le specie più esigenti di risorse. Nel bosco i rettili si possono osservare in particolare su sassi al sole, su affioramenti rocciosi e su superfici alluvionali adatte (con detriti e depositi di ciottoli) nella zona d’inondazione di ruscelli e fiumi, ma anche nei corridoi di valanghe e slavine. Inoltre i rettili possono essere osservati in aree sradicate dal vento o riservate al disboscamento. Le costruzioni lungo strade e sentieri nel bosco, in particolare i muretti a secco, lo strato di sassi e ciottoli sotto le pavimentazioni in pietra e le costruzioni con gabbioni sono di molto valore per i rettili.

I boschi costituiscono anche nelle pianure uno degli habitat più importanti rimasti per i rettili. Di particolare importanza è il bosco alluvionale, dove molte specie legate all'acqua come la Natrice dal collare, la Natrice tassellata e la Testuggine d’acqua dolce trovano un habitat ideale. Qui i rettili beneficiano oltre a una ricca risorsa di cibo anche di un ambiente dinamico, grazie all’acqua che crea sempre nuove zone pioniere e soleggiate così come una ricca offerta di nascondigli tra gli accumuli di legna galleggiante.

Il rinnovamento boschivo causato per esempio da folate di vento ha una certa importanza anche nei boschi meno umidi sull’Altopiano, dove si possono incontrare l’Orbettino e la Lucertola vivipara. L’attività di disboscamento può sostituire o completare questa dinamica e favorire il popolamento di rettili nel bosco.

I margini forestali in tutta la Svizzera sono particolarmente importanti perché rappresentano degli habitat preziosi e di qualità per molti rettili. Idealmente hanno un'ampia zona erbacea, molti cespugli (i più apprezzati dai rettili sono i piccoli arbusti spinosi) e una certa continuità di vegetazione. Le piccole strutture, come cumuli di sassi o cataste di legna, offrono nascondigli e posti al sole. I margini forestali svolgono una funzione importante nell’interconnessione di piccoli habitat.