Lichte Wälder auf felsigem oder steinigem Untergrund an wärmebegünstigten, mehr oder weniger steilen Hanglagen gehören zu den wichtigsten Reptilienlebensräumen der Schweiz und beherbergen je nach Region zahlreiche, teils anspruchsvolle Arten. Die Tiere werden hier besonders im Bereich sonniger Blockhalden, Felsfluren und Felsköpfen angetroffen, auf geeigneten Übersarungsflächen (= Geröll- und Geschiebe-ablagerungen) im Hochwasserbereich von Bächen und Flüssen, aber auch in Lawinenkorridoren oder Steinschlagrunsen. Ebenso finden sich Reptilien auf Windwurfflächen sowie auf Holzschlägen. Als wertvoll für Reptilien erweisen zudem sich immer wieder Verbauungen entlang von Strassen und Wegen im Wald, namentlich Trockenmauerwerk aller Art, Rollierungen oder Steinkorbverbauungen.

Auch im Flachland gehören Wälder zu den wichtigen verbleibenden Reptilienlebensräumen. Besondere Bedeutung kommt den Auenwäldern zu, wo viele wasserliebende Arten zuhause sind, wie die Ringelnatter, die Würfelnatter oder die Europäische Sumpfschildkröte. Hier profitieren Reptilien nebst einem reichen Nahrungsangebot vorab von der Gewässerdynamik, die immer wieder offene, sonnige Stellen und ein gutes Angebot an Versteckplätzen in Form von Schwemmholzhaufen schafft. Dynamik – beispielsweise als Folge von Windwürfen – ist auch in normalen Wäldern des Mittellandes wichtig, wo vor allem die Blindschleiche und die Waldeidechse angetroffen werden können. Holzschläge können diese Dynamik ersetzen oder ergänzen und begünstigen das Vorkommen von Reptilien im Wald.

Besondere Bedeutung kommt den Waldrändern zu, die fast überall in der Schweiz potenziell wichtige und wertvolle Reptilienlebensräume darstellen. Sie weisen idealerweise einen breiten Krautsaum, einen Gebüschmantel (beliebt bei Reptilien sind kleinwüchsige, dornige Arten) und einen buchtigen Verlauf auf. Kleinstrukturen wie Lesesteinhaufen oder Holzhaufen bieten hier zusätzliche Versteck- und Sonnenplätze. Waldränder erfüllen auch eine wichtige Funktion bei der Vernetzung von Teillebensräumen.