Con la sua attività di costruzione di dighe, il Castoro ha un ulteriore e poco considerato influsso sul sistema idrico, ossia quello di proteggere dal pericolo di esondazione. Esistono innumerevoli prove che dimostrano come l’aumento delle esondazioni sia causato dall’accorciamento o rettificazione dei corsi d’acqua accompagnati dalla contemporanea scomparsa dei Castori e delle loro dighe. Le dighe possono avere un influsso sulla regolazione soprattutto delle punte di acqua alta.

In America per esempio è stato condotto a questo proposito un esperimento sullo Satsop River, Stato di Washington (USA), dove il fiume scorre in due bracci laterali, su di uno furono allontanate tutte le dighe di Castoro e sull’altro vennero mantenute. Sul braccio laterale senza dighe si verificarono delle punte di esondazione estreme, mentre in quello dove vennero conservate le dighe le esondazioni non si verificarono. Il motivo, tra gli altri, è riconducibile al considerevole ritardo nel rilascio delle acque da parte delle dighe (fino a oltre un fattore 100). A Freising (D) il livello delle acque di falda venne innalzato in prossimità di una diga su una superficie di circa  30 ha . Dopo il crollo della diga, la corrente del fiume fu maggiore per 13 mesi fino a che il deflusso portò i livelli alla normalità.

Attraverso le pozze costruite dai Castori, l’acqua evapora o filtra su una grande superficie nella parte alta dei corsi d’acqua. Questa viene così in parte accumulata nel territorio e dall’altra viene restituita dilazionata nel tempo. L’acqua ha più tempo per penetrare nel terreno e in questo modo va a riempire le riserve della falda, ciò che va a tutto beneficio dell’Uomo. Oltre all’immagazzinamento delle acque nel territorio, gli ormai vecchi bacini creati dai Castori diventano dei terreni ricchi in carbonio e sostanze organiche che hanno la grande capacità di trattenere acqua. Il Castoro, con le sue dighe, trattiene per molto tempo le acque nelle parti alte dei corsi d’acqua. Se vogliamo impedire le inondazioni nelle zone basse delle vallate, dobbiamo trattenere le acque il più possibile nelle parti alte dei corsi d’acqua ed è quello che ci aiuta a fare il Castoro.

L’obiettivo deve essere quello di trattenere le precipitazioni là dove avvengono e dove è importante che una gran parte di esse venga assorbita o evaporata. Oggi le zone umide sono gli ambienti che spesso mancano, questi tra le altre cose vengono creati dal Castoro. Il Castoro può essere un fattore importante nel bilancio idrico.