Il Consiglio scientifico definisce, in collaborazione con il direttore, le linee di ricerca e i programmi d'attività del CSCF. Ha la responsabilità scientifica dei lavori svolti e si incarica della redazione della serie «Fauna Helvetica».

I suoi 13 membri provengono da ambiti molto differenti:

Presidente :

• Dr. Ambros Hänggi, Conservateur au  Naturhistorisches Museum Basel, Abteilung Zoologie

assistito da :

• Sig. René Amstutz, Pro natura svizzera
• Sig. Stefan Birrer, collaborateur du bureau d'étude Hintermann & Weber AG (projet BDM-CH)
• Dr. Mahmoud Bouzelboudjen, hydrogéologue, consultant dans la modélisation des systèmes naturels, SITEL
• Sig.ra Danielle Hofmann, Ufficio federale dell'ambiente UFAM, Biodiversità e paesaggio
• Mme Celia Bueno, directrice adjointe du Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel
• Dr. Anne Freitag, conservatrice au Musée Zoologique de Lausanne
• Dr. Marc Kenis, responsable des recherches en foresterie et sur les ravageurs des plantes ornementales au CABI
• Dr. Pierre Marle, Hydrobiologa, Direction Générale de l'Environnement du Canton de Vaud, Division Protection des eaux
• Dr. Alain Maibach, bureau d'étude en environnement A.Maibach Sàrl
• Sig.ra Lucia Pollini, conservatrice au Museo di storia naturale de Lugano
• Sig. Jérôme Plomb, bureau d'étude Aquarius
• Dr. Matthias Borer, Kurator Biowissenschaften am Naturhistorisches Museum Basel