Le CSCF-karch s'est doté d'un code de déontologie pour réglementer le flux des données qu'il gère. Une nouvelle version de ce document, commune à l'ensemble des centres nationaux de données (Info Species) a été publiée en janvier 2013. Ce document apporte des précisons sur les droits du légataire, la protection des données et la fourniture de données à des tiers.