L'activité et la représentativité de la Banque de données du CSCF ne seraient pas ce qu'elles sont aujourd'hui si une très étroite collaboration ne s'était instaurée avec

• le Centre de coordination pour la conservation des amphibiens et des reptiles (Karch)
• le Centre de coordination ouest pour l'étude et la protection des chauves-souris (CCO) et
• la Fondation pour la protection des chauves-souris de la Suisse (SSF).

Si ces trois partenaires gardent leur indépendance, toutes les données dont ils disposent ont été homogénéisées et sont soit directement implantées (KARCH), soit périodiquement transférées (CCO, SSF) dans la banque de données du CSCF. Chacun peut ainsi disposer en tout temps d'informations cartographiques ou tabulaires actualisées pour l'ensemble des groupes traités par les quatre institutions soit par questionnement direct des serveurs interactifs du CSCF, soit par demande écrite adressée à ce dernier.