La comptabilité générale d'info fauna est contrôlée annuellement par une fiduciaire indépendante. Cet examen très détaillé touche non seulement les mouvements relatifs à son fonctionnement, mais également tous ceux générés par les différents projets qu'il gère (projets Liste rouge par exemple).

Le rapport annuel rédigé par la fiduciaire est fourni au Conseil de fondation, seul habilité à les approuver et à en donner décharge à la direction. Il est ensuite transmis à l'Autorité fédérale de contrôle des fondations à Berne.