Le CSCF bénéficie du soutien de plusieurs partenaires importants :

L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) par le biais notamment de sa Division gestion des espèces a reconnu info fauna comme Centre national de données pour la faune en 1990. Depuis lors, c'est lui qui couvre l'intégralité de son budget de fonctionnement. Les relations qui se sont  établies sont très étroites que cela soit au niveau de l'échange d'informations ou de compétences ou à celui de la définition et du suivi de projets importants.

La Ville de Neuchâtel est membre de la Fondation CSCF depuis 1985. La ville par la voix de la direction de la Section des Affaires culturelles s'est officiellement engagée à soutenir les activités de la fondation à longs termes. Se soutien se traduit surtout par l'étroite collaboration qui s'est instaurée avec le Muséum d'Histoire naturelle de Neuchâtel qui s'implique notamment dans la stratégie nationale de mise en valeur des collections d'histoire naturelles initiée par info fauna.

L'Université de Neuchâtel est membre de la Fondation info fauna - CSCF&karch et soutient son activité depuis 1985 par le biais de son Service informatique et télématique (SITEL). Il a en effet abrité la Banque de données CSCF dès sa création et assuré depuis un appui logistique, scientifique et technique à sa gestion et à son développement. Les rapports privilégiés qui lient la fondation à l'Université de Neuchâtel ont été entérinés en 2001 par une convention et un contrat de prestation signés par le recteur de l'Université, le directeur du SITEL et celui du CSCF et se sont traduit en 2018 par l'installation de la fondation dans les locaux de la facultés des sciences.

Pro Natura suisse a activement participé à l'émergence de la Fondation en s'impliquant dans la définition même de ses statuts et de ses objectifs puis en lançant avec sa collaboration divers projets importants (Atlas des Odonates et des Rhopalocères de Suisse, 1985 - 1987 par ex.). Pro Natura n'a cessé depuis de soutenir financièrement les projets d'info fauna CSCF qui répondent à ses propres objectifs.