Le Conseil scientifique a la responsabilité scientifique des travaux effectués et fixe en collaboration avec le directeur les axes de recherches et le programme d'activités du CSCF. Ses membres proviennent d'horizons très divers:

Président :

• Dr. Ambros Hänggi, Conservateur au Naturhistorisches Museum Basel, Abteilung Zoologie

assisté de :

• M. René Amstutz, Pro Natura suisse
• M. Stefan Birrer, collaborateur du bureau d'étude Hintermann & Weber AG (projet BDM-CH)
• Dr. Mahmoud Bouzelboudjen, hydrogéologue, consultant dans la modélisation des systèmes naturels, SITEL
• M. Ludovic Maggioni, directeur du Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel
• Dr. Anne Freitag, conservatrice au Musée Zoologique de Lausanne
• Dr. Marc Kenis, responsable des recherches en foresterie et sur les ravageurs des plantes ornementales au CABI
• Dr. Nathalie Menétrey, Hydrobiologiste, Direction Générale de l'Environnement du Canton de Vaud, Division Protection des eaux
• Dr. Alain Maibach, bureau d'étude en environnement A.Maibach Sàrl
• Mme. Lucia Pollini, conservatrice au Museo di storia naturale de Lugano
• Dr. Blaise Zaugg, bureau d'étude Aquarius
• M. Thomas Walter,  groupe de recherche "Paysage agricole et biodiversité", Agroscope