Technique de traçage biologique des eaux souterraines et de surface à l'aide de virus de bactéries (bactériophages)

Laboratoire de Microbiologie

Dr Pierre Rossi, Maître-assistant
Prof. Michel Aragno
Magali Grob, Cheffe technique

Centre d'Hydrogéologie (CHYN)

Raymond Flynn, Doctorant
Prof. Imre Müller,
Prof. François Zwahlen

Service de traçage biologique à l'aide de bactériophages

En guise d'introduction:

Le Centre d'Hydrogéologie et le Laboratoire de microbiologie de l'Université de Neuchâtel collaborent depuis plusieurs années au développement de nouveaux traceurs biologiques pour l'hydrologie et l'hydrogéologie. L'utilisation des traceurs artificiels pour estimer la nature, la direction et la vitesse des écoulements ne date pas d'aujourd'hui. Mais malgré l'expérience actuelle ainsi que le grand nombre de traceurs chimiques disponibles, les spécialistes de l'eau sont encore à la recherche de nouvelles substances favorables à l'environnement.

Les traceurs hydrogéologiques:

Il n'existe à l'heure actuelle que relativement peu de substances qui pourraient être qualifiées de traceur idéal. Avant de pouvoir être qualifiée de la sorte, une substance chimique ou des particules en suspension doivent répondre à un certain nombre d'exigences très strictes.

Un bon traceur doit être pratiquement semblable à l'eau: bien s'y mélanger et posséder une densité très proche. Il doit être détectable à de très faibles concentrations par des procédés simples et bon marché. Il doit être dépourvu de toute toxicité et ne doit pas polluer l'environnement. Il ne doit pas entrer en interaction avec ce dernier (adsorption). Par contre, il doit être stable, sans pour autant produire un "effet de mémoire" dans les aquifères.
Ces exigences sont sévères et il n'est donc pas étonnant que les traceurs qui arrivent à satisfaire ces conditions sont en nombre très limité. Ceci est particulièrement ennuyeux lors de la planification de multitraçages, où un grand nombre de traceurs doivent être injectés simultanément.

Les traceurs biologiques se différencient essentiellement des solutions chimiques employées couramment par le fait qu'ils sont présents dans l'eau sous la forme de particules microscopiques en suspension (colloïdes). Les traceurs particulaires biologiques (spores, bactéries et virus) sont composés d'organismes, vivants ou morts, dont la taille s'échelonne de quelques dizaine de nanomètres à plusieurs micromètres. Un impact le plus faible possible sur l'environnement est la condition essentielle à laquelle ces traceurs doivent répondre avant leur utilisation en milieux souterrains ou de surface.

Qu'est-ce qu'un bactériophage ?

Le terme de bactériophage, ou plus simplement phage, désigne les virus de bactéries. Comme c'est le cas pour tous les virus, les bactériophages sont incapables de se multiplier de manière autonome. Ils doivent s'intégrer physiquement à un hôte spécifique, dans le cas présent une bactérie-hôte, dont le métabolisme est détourné au profit de leur multiplication intracellulaire. Les bactériophages envahissent donc uniquement et spécifiquement des cellules bactériennes (bactériophage signifie littéralement "qui se nourrit de bactéries").

Les bactériophages apparaissent dans le monde bactérien dans son l'nnsemble. La diversité des lieux dans lesquels on peut trouver des phages est associée à des quantités parfois très impressionnantes de particules virales dans les échantillons étudiés. Le travail de Børsheim montre que les concentrations de particules virales dans l'eau de mer et les eaux douces varient de 10E3 à 10E7 par ml. Elles peuvent même atteindre 4,6*10E8 particules virales par ml, record absolu observé dans le courant du Gulf stream.

La taille des bactériophages varie de quelques dizaines à quelques centaines de nm. Ils sont composés d'une structure protéique complexe variant beaucoup d'un phage à l'autre. Cette structure est parfois encore recouverte d'un manteau lipidique. Tous les phages sont pourvus d'une capside (une tête) renfermant le matériel génétique (de l'ADN double brin dans plus de 95 % des cas). Cette capside est un assemblage de sous-unités protéiques appelés capsomères qui forme une structure géométrique complexe (icosaèdre ou filament). Certains phages sont pourvus d'une queue (plus ou moins longue et souple, parfois même rétractile) à l'extrémité de laquelle sont placés les sites de reconnaissance de la cellule hôte. Diverses fibres et spicules viennent compléter la structure selon les cas.

Des bactériophages en tant que traceurs hydrologiques:

Les bactériophages sont certainement les traceurs hydrologiques les mieux adaptés parmi tous les traceurs biologiques envisageables. Par leur petite taille, de l'ordre de 10 à 100 nm, ils sont à l'échelle des virus d'organismes eucaryotes. Mais au contraire de ceux-ci, ils sont non pathogènes pour l'homme, les animaux et les plantes. Ils sont non toxiques et un choix approprié des systèmes phages / bactéries-hôtes évite tout risque sur la microflore de l'aquifère. Ces traceurs particulaires sont totalement invisibles, quelles que soient les concentrations.

Un autre atout de cette méthode tient à la spécificité d'un bactériophage pour une unique espèce de bactérie-hôte. Grâce à ce phénomène biologique, plusieurs bactériophages peuvent être injectés en même temps, sans que cela pose le moindre problème d'interférence lors de l'analyse des échantillons. Un litre de culture produit en laboratoire contient 10E12 -10E14 bactériophages au total. La quantité de matière organique que cela représente (environ 100 g) est faible et ne présente aucun risque de pollution. Les méthodes de détection et de comptage mises au point ont une sensibilité de l'ordre de 1 phage par 2 ml d'échantillon lors d'analyse en routine. Celle-ci est égale, sinon supérieure, à celles des meilleurs traceurs fluorescents.

Les phages sont suffisamment stables pour un essai de traçage se déroulant sur une période de plusieurs semaines. Ils disparaissent ensuite des aquifères, ne laissant aucun bruit de fond. Des études approfondies en laboratoire ont montré que cette disparition est influencée par divers facteurs physiques et chimique (température et force ionique) et par la présence de particules colloïdales minérales et organiques (argiles et acides humiques).

La recherche mené dans notre laboratoire a permis de mettre au point un moyen de traçage efficace, valable non seulement pour les milieux fissurés karstiques, mais également pour les milieux à porosité interstitielle, comme l'ont montré les essais effectués sur le site de Wilerwald (BE) et de Kappelen (BE). De plus, de récents essais ont montré que les phages pouvaient également être utilisés pour tracer les eaux de surface (lacs et rivières).

Nos remerciements vont au Fonds National suisse de la rcherche Scientifique pour son soutien financier. Un grand merci également à Magali Grob pour l'analyse des multiples échantillons de ces très nombreux essais de traçage.


Liens Web sur le même sujet :

Bacteriophage Ecology Group: Contact et liens principaux des "bactériophagistes"

What is a bacteriophage, anyway?: Le groupe virus de la "Amercian Society for Microbiology"

All the Virology on the WWW: Intéressant ! Comprend également des cours complets sur les virus !
Dernière révision: 28.12.01\PRossi