Importance
du broutage par les protozoaires sur la diversité et la
structure des communautés microbiennes des rhizobactéries.
Turnover du carbone et croissance de la plante.
Ludovic
Roussel-Delif, doctorant
Ce
projet est financé par des fonds du projet
COST 627
Les
protozoaires sont des organismes eucaryotes, microscopiques, présent
dans des habitats aquatiques ou humides comme les océans,
les lacs ou les sols. Ils appartiennent au règne des protistes.
Ils sont constitués d’une seule cellule très
spécialisée et capable de remplir toutes les fonctions
vitales. Certains sont autotrophes (activités photosynthétiques),
d’autres sont hétérotrophes ou mixotrophes
(autotrophes et facultativement hétérotrophes).
L’importance
de la microfaune, en particuliers des protozoaires hétérotrophes,
sur la structure et le contrôle des communautés bactériennes
a été postulée depuis fort longtemps.
L’étude
des effets du broutage des bactéries par les protozoaires
a montré :
Les
techniques de biologie moléculaire développées
ces dernières années permettent de nouvelles approches
en écologie microbienne. Ces méthodes d’analyses
de la diversité microbienne sont largement appliquées
chez procaryotes et, depuis peu, sont utilisées pour étudier
les protozoaires. Cependant, la taxonomie des protozoaires est
principalement basée sur des critères morphologiques
et de locomotion. Ces approches permettront l’étude
de la diversité des protozoaires, y compris celle des espèces
de protozoaires non cultivables.
Pour
étudier l’importance du broutage bactérien
exercé par les protozoaires du sol dans un écosystème
de prairie, il est nécessaire de réaliser des tests
préliminaires en microcosmes. Ces microcosmes contiendront
du sol stérile (irradiation rayon gamma) inoculés
pour certains avec une suspension bactérienne de sol de
prairie filtrée (contrôle sans protozoaires) et pour
les autres avec une suspension bactérienne de sol non filtrée
(traitement avec protozoaires). Par la suite, des graines de Lolium
perenne seront mises à germer dans ces différents
microcosmes.
Différente
analyses seront réalisées en fonction de la proximité
à la racine :
-
Comptages de bactéries totales (DAPI) et cultivables
(sur milieu Angle)
-
Evolution de la diversité et la structure de la communauté
bactérienne (PCR 16S rADN puis DGGE = Denaturing Gradient
Gel Electrophoresis, clonages et séquençages
des bandes dominantes)
-
Mesure
du carbone organique total et du taux d’humification
-
Comptages
des protozoaires par la technique des MPN
-
Identification
microscopique des protozoaires
-
Identification
des protozoaires du sol par amplification du gène 18S
rADN
last
update :
26.08.2003
